氣質聯用儀被廣泛應用于復雜組分的分離與鑒定，其具有GC的高分辨率和質譜的高靈敏度，是生物樣品中藥物與代謝物定性定量的有效工具。質譜儀的基本部件有：離子源、濾質器、檢測器三部分組成，它們被安放在真空總管道內。接口：由GC出來的樣品通過接口進入到質譜儀，接口是氣質聯用系統的關鍵。
色譜儀是在常壓下工作，而質譜儀需要高真空，因此，如果色譜儀使用填充柱，必須經過一種接口裝置-分子分離器，將色譜載氣去除，使樣品氣進入質譜儀。如果色譜儀使用毛細管柱，因為毛細管中載氣流量比填充柱小得多，不會破壞質譜儀真空，可以將毛細管直接插入質譜儀離子源。
氣質聯用儀的使用方法是什么呢？
一、開機操作
打開載氣（He氣），設置分壓閥壓力至0.5MPa。
2、打開計算機，進入Windows XP系統。
3、打開氣相色譜7890NGC、質譜5975NMSD電源，等待儀器自檢完畢。
4、在計算機桌面雙擊工作站圖標“Instrument #1”，進入MSD化學工作站。
5、儀器穩定1～2小時。
6、觀察真空泵狀態；觀察離子源、四極桿溫度的實際值是否達到設定值。
7、設定條件，測定樣品。
二、關機操作
1、在儀器控制菜單中，單擊“視圖”菜單，選擇“真空控制”，進入診斷與真空控制界面。
2、在真空菜單中選擇“放空”，工作站將柱溫設為30℃，關閉輔助加熱。該過程大約需要40分鐘。
3、等待放空結束，退出工作站，關閉計算機。
4、分別關閉氣相、質譜電源。
5、關閉載氣He。
氣質聯用儀是一個氣體運行的系統，因而儀器的密封性相當重要。毛細管柱進入質譜腔中的長度不適當，太長或太短都不行。墊圈要松緊合適，太松會有漏氣的隱患，太緊則會壓碎墊圈，每次更換色譜柱時需要更換新的密封墊圈。清洗離子源時打開腔體后要注意其密封性。
